根据《进口贸易管理令》和《进出口贸易法》，日本进口贸易管理原则上自由，但也针对某些商品、进口对象国或地区、贸易方式、结算方式等做出特别规定，进口商进行上述进口时须获得经济产业大臣的进口审批许可(Import License)。
1、《进管令》对进口审批的规定
《进管令》中规定了须审批的进口商品和结算方式。进口限制商品名录中列出了实行配额(IQ)管理的进口商品，包括73种非自由化商品和一批《华盛顿条约》规定的动植物等。还有对进口商品原产地或装运地的审批规定。
(1)进口审批和事前确认
进口商从外国进口下列商品须获得经济产业大臣(或授权外汇银行)或指定主管部门的大臣、长官的事前确认。
a、实行进口配额的商品；
b、来自指定原产地或启运地的指定商品；
c、以特殊结算方式进口的商品；
d、按规定须事前确认的商品，主要有蚕茧、丝织品等15种。
某些商品经经济产业大臣或主管部门大臣事前确认后便不需进口审批。确认后，大臣发给事前确认书，进口通关时进口商向海关提交该确认书。若分批进口，海关每次将在确认书上进行背书并退给进口商，进口结束时确认书须上交海关。此外，还有某些商品，如具有法令规定的必要文件(原产地证书等)并在通关时经海关确认，也不需进口审批。
(2)外汇银行进行的进口审批
上述b、c的进口由经济产业省负责审批，d由各主管部门大臣事前确认，a由外汇银行代经济产业大臣行使审批权力。
(3)经济产业省进行的进口审批
a、以特殊结算方式进口的商品；
b、非IQ商品原则上自由进口，但自指定原产地、启运地进口的规定种类的货物(非使用特殊结算方法的无外汇进口除外)和以某些特殊结算方式进口的货物须经济产业省审批。
(4)海关关长进行的进口审批
IQ商品和自指定原产地或启运地进口的指定货物一般由经济产业大臣审批，对于其中的无外汇进口，经济产业大臣授权海关关长审批,但如果采用特殊结算方式，则仍由经济产业大臣审批。
(5)不需进口审批的商品即“进口自由品”
“进口自由品”是指不需进口审批和提交进口报告书，通关时不必提交发票的货物。包括无偿救济品、无偿样品、指定宣传品、不用于销售的货物、外交官用品、入境随身携带品、职业用品、搬家行李、临时卸货物品等。
2、《进出口贸易法》对进口审批的规定
日本《进出口法》规定，来自一定地区的丝织品须进口审批。目前，只有从中国进口的丝织品(个别品种除外)须进行此项审批。
如进口货款以特殊方式支付，在进行进口审批之外，还须就支付方式进行审批(总价500万日元以下的除外)。
1、出口审批的法律规定
日本《外管法》和《进出口交易法》均规定了出口审批制度。
(1)《外管法》关于出口审批的规定
依据《外管法》，通产大臣有权规定出口审批制度。具体包括：
a、向特定地区出口特定货物，如国内供求调控物资；为维持出口秩序进行的自主出口限制；依据国际协定进行的出口限制。
b、使用特定贸易方式的出口。《出口贸易管理规则》规定，在进行某些纺织业和制革业的“委托国外加工后返销”的贸易活动时，原材料出口须由通产省审批。
c、采用特殊结算方式的出口，包括以贷记或借记来结算货款的出口；结算时间特殊的出口；大藏大臣指定的其它结算方式等。
(2)《进出口交易法》对出口审批的规定
为确立正常的出口秩序，避免本国出口商之间的过度竞争，保障出口贸易的健康发展，当仅凭出口商之间的协定或出口组织的规则无法限制本国出口企业的过度竞争时，《进出口交易法》允许通产省对某些商品实施出口审批制，称为“outsider限制”。
2、出口审批手续
(1)《出口贸易管理令》的规定
a、通产省审批：若出口商品属《出口贸易管理令》规定的审批对象，出口商须向通产省提交2份《出口审批申请书》，并附上《申请理由书》和出口合同复印件各1份。对于某些审批权限下放的商品，审批申请向地方通产局、通商事务所等提交。审批权限下放给海关关长的商品，审批申请向关长提交。按规定，某些商品的审批申请上还需附商品成分表、化学分析表或有关出口价格、数量等文件。通产省审批许可后，在申请书上盖章、编号、规定有效期，必要时可规定贸易条件，然后将其中1份退还申请人，作为出口审批证(Export License)。
b、海关关长审批：通产大臣将某些商品的出口审批权限下放给海关关长。主要包括伪钞、毒品、国宝等特定货物；无外汇出口货物中的宣传品或样品等；无外汇进口货物中，在保税区储藏后再次运出境外的某些货物。
(2)《进出口交易法》的规定
a、通产省发布“实行出口审批的省令”，指定要求进行出口审批的商品、审批事项(包括数量、价格、品质、设计等交易条件)。
b、出口上述省令中规定的商品时，出口商须向通产大臣提交2份《出口交易审批申请书》并附上出口数量配额通知书、检验合格证明书等必要文件。
3、出口报告书制度
《出口报告书》及其流程包括：
(1)先发货后提款的出口：商品出口通关时，出口商向海关提交3份《出口申报书》，并附上2份《出口报告书》、出口审批文件原件、2份商业发票。通关结束后，海关在其中1份《出口报告书》上盖章，并与出口许可书正本、出口审批文件一起退还出口商。发货后，出口商凭此报告书到外汇银行提取货款。外汇银行确认后将报告书送日本银行。2份商业发票中，1份由海关存底，1份与《出口报告书》共同送交通产省。
(2)先结算后发货的出口：出口商到银行提款时，将2份《出口报告书》与出口合同一起提交外汇银行。外汇银行确认后，1份送日本银行，1份退还出口商作为通关凭证。通关时，出口商将银《出口报告书》与出口申报书一起提交海关，海关送交通产省。
(3)混合型支付方式(部分预付、部分后付)的出口：余款一次付清时，出口商向外汇银行出示出口合同，得到银行发给的货款预付证明书，并提取预付款。余款分期支付时，每次结算时出口商都须向外汇银行提交《出口报告书》。
4、《出口货款预收证明书》
对于货款的全部或部分须预收的出口，出口商可能无法向外汇银行提出相应的《出口报告书》。如：预收全额货款，而货物分批装运。此时须办理《出口货款预收证明书》，代作提款凭据。收取预付货款后，在出口该合同项下货物时，出口商须先向外汇银行提交上述预收证明书的正本及2份本批出口货物的《出口报告书》，接受银行的确认。确认后，《出口报告书》与预收证明书的正本都退还出口商。通关时出口商将这些文件提交海关。
1、普通船与集装箱船通用的进口通关手续
(1)货物进入保税区(Transportation into bonded area)
卸货后，原则上须首先运往港口保税区或海关长指定的其它地点。办理完通关手续、缴纳进口关税、获得进口许可后，方可提取。货物运入各类保税区时，须向海关提交运入审批申请书。但若获准在货船舱内验货或驳船上验货时，进口申报不必在保税区内办理。
集装箱货物的大宗货物(整箱货)必须全部存放于集装箱货场(Container Yard)，小宗货物(拼箱货)全部存放于集装箱集散站(Container Freight Station)。普通货轮货物的存放地点可由进口商自行决定。一般多临时放置在保税货棚(Bonded Shed)，须长期存放时则可利用保税仓库。
如果进口货物不适合或不能进入保税区，海关也允许存放在其它指定地点，但适用关于保税区的各项规定。
(2)进口申报
货物运入保税区或其它指定地点后，进口商向海关关长提交下列文件，进行关税缴纳申报。
a、《进口纳税申报单》3份
b、附件：商业发票2份(无外汇进口交1份)；包装明细书、重量证明书；运费明细书、保险费明细书(进口价格非CIF时)；原产地证明书、商检证明等；关税缴纳书4张1套、消费税缴纳书1套；进口审批证(须审批的商品)或事前确认书(须事前确认的商品)；其它有关法令规定的许可证、审批书等；有关的免税文件。
若在进口申报时进口商没有得到装船单据和出口商签名的商业发票，进口商须制作预开发票(Pro-forma Invoice)并签名，得到银行认可后提交给海关，凭此获得进口许可并提货。进口商获得出口商发来的商业发票之后，经海关要求须补交。
(3)进口检查
检查方法按范围有抽样检查、部分指定检查、全部检查3种，按地点分为现场检查、驳船上检查、货船上检查、检查场检查。进口动植物及其制品、食品等，须经过检疫和防疫部门的检查。
(4)进口许可
a、海关对进口申报单进行审核，必要时检查货物。审核申报无误后，海关将4份关税缴纳书中的3份退回进口商，进口商到日本银行或其代理机构(设在海关内)缴纳进口税。完税后，进口商凭收据到海关领取进口许可书和进口审批证。
b、进口商获得进口许可书后，将货物从保税区提出运至自己的仓库。此时，进口商将海关退回的进口审批证附上进口配额证明书交给外汇银行，外汇银行将上述文件交日本银行进行事后审查。按规定，进口许可书须由进口商保存3年。
2、集装箱船货物的通关
(1)日本港口集装箱货场管理员(Container Yard Operator)在货轮入港前作为船公司的代理人向动物检疫所或植物防疫所提交《进口动物类货物一览表》或《植物类货物一览表》。货轮入港后，须马上向海关提交货物清单(Cargo Manifest)、卸货申请、集装箱清单(Container List)等。
(2)通关场所
集装箱货物的进口通关地点可以是集装箱货场、码头保税堆货场甚至内陆仓库。
a、集装箱货场通关
进口商在集装箱卸货场办完通关手续，获得进口许可并提走货物。海关将进口商提交的文件和进口商品进行对照检查，确认与申报和纳税相符后，在所收纳税申报单上盖章并退还进口商。进口商凭此到日本银行的代理机构等指定地点缴纳关税，凭税金收据到海关取得进口许可，提走货物。
b、码头保税堆货场通关
集装箱自船上卸至集装箱货场后，运入进口商的专用保税堆货场，然后按通常方式办理进口通关手续，但费用较高、手续较复杂。
c、内陆仓库通关
进口货物卸下后直接运往保税仓库，办理通关手续。这是一种特殊通关方式，一般并不采用。由于货物在日本内地运输途中尚未完成进口申报，属于保税运输，因此采用此方式通关的进口商须事先向海关提交《外国货物运送申报书》。
(1)货物发生变质或损伤(Damage Cargo)
a、进口申报前发生变质、损伤的货物，在进行申报时应考虑酌减关税。
b、进口申报后至获得进口许可前，货物因所在地发生火灾、水灾等不可抗拒事件，导致变质或损伤的，可减征关税。此时，进口商须在进口许可下达前向货物所在地海关关长提交2份《损伤、变质减税明细书》，记载货物编号、品名、数量、变质损伤原因及程度、计划减税金额及其计算根据等。
(2)非变质、损伤货物(Sound Cargo)
日本政府从国家政治、经济、社会等政策出发，对一些商品规定了临时或长期的减免税政策。如，对于有利于国内设备现代化的某些机械类产品，有临时规定的减免税或退税政策。
(3)关税减免手续
申请减免税时，须在进口申报书上注明减免税有关事项，在申报时提出减免税要求。
2、进口关税的退税
获得进口许可并已缴纳进口关税的货物，在获得许可后继续保存在保税区或其它规定地点时，因灾害等不可抗力原因而导致变质、损伤，按规定可退还全部或部分所缴关税。灾害结束后，进口商须立即向所在地海关提交《受灾货物报告书》，海关关长予以确认并发给确认书。灾害结束后3个月内，进口商可凭上述确认书向货物所在地管辖海关关长办理受灾货物关税返还申请。
3、国内消费税的征收与免税
日本规定进口酒类、糖类、挥发油、石油气等商品时，在缴纳进口关税的同时，还须缴纳国内消费税，这类商品的国内消费税手续一般与关税一起办理，不必单独提出消费税的申报书。因各种原因免征进口关税的货物，其国内消费税也相应免除。
